Southern blotting
Southern blotting은 세포의 DNA 속에서 특정 유전자들을 검출하는데 널리 이용되고 있습니다. 분석하려는 DNA를 제한효소로 절단하고, 절단된 DNA 단편을 전기영동으로 분리시킵니다. 그런 다음 젤을 nitrocellulose 여과지나 나일론 막에 올려놓으면, DNA 단편이 막으로 옮겨져 젤을 그대로 복사한 것처럼 됩니다. 이 여과지나 막을 표지된 탐침과 함께 두면, 탐침과 상보적인 서열이 있는 DNA 단편은 혼성화가 일어납니다. 그 결과 이들 세포 DNA의 특정 단편들을 육안으로 확인할 수 있게 됩니다.
Northern blotting
Northern blotting은 DNA 대신 RNA를 검출하는 방법입니다. 이 방법은 세포의 전체 RNA를 추출하고 젤 전기영동으로 크기에 따라 분리가 일어나게 합니다. Southern blotting와 마찬가지로 RNA를 여과지로 옮겨, 클론한 탐침과 혼성화 과정을 통하여 검출할 수 있습니다. Northern blotting은 서로 다른 세포에서 특정 mRNA의 존재 여부를 확인하는 등의 유전자 발현을 연구하는데 흔히 이용됩니다.
DNA microarray
DNA microarray는 southern이나 nothern blotting처럼 한 번에 한 유전자씩 분석하는 것과 달리, 수 만개의 유전자를 동시에 분석할 수 있습니다. 진핵생물 유전체의 완결된 서열을 이용할 수 있게 됨에 따라 DNA microarray의 혼성화는 세포에 존재하는 DNA나 RNA 서열에 대한 총체적인 분석을 가능하게 했습니다. DNA microarray는 로봇 자동장치를 이용하여 슬라이드글라스나 여과 막 위에 올리고뉴클레오티드나 cDNA 단편을 작은 점 크기로 해서 고밀도로 찍어 놓은 것입니다. Microarray 위의 각 점은 단일의 올리고뉴클레오티드나 cDNA로 이루어져 있습니다. 보통 현미경의 슬라이드글라스에 10,000개 이상의 DNA 서열을 점찍을 수 있으므로, 세포 유전체의 모든 유전자 서열을 가진 DNA microarray를 쉽게 만들 수 있습니다.
in situ hybridization
핵산 혼성화는 세포추출물에서뿐만 아니라 염색체나 세포 내에 있는 상동성 DNA 또는 RNA 서열들을 검출하는 데도 이용할 수 있는데, 이 과정을 in situ hybridization이라고 합니다. 이것은 특정 세포나 세포 내 구조물에 대한 형광 탐침을 이용한 혼성화로, 현미경 관찰을 통하여 분석합니다. 또한, 한 조직 내의 서로 다른 세포에 존재하는 특정 mRNA를 검출하는 데도 이용될 수 있습니다.
